Op 5 juli 2006 is de Stichting Harry Honée Fonds opgericht. In 2009 zal de Stichting voor het eerst de Harry Honée Proefschriftprijs uitreiken. Met deze prijs wil de Stichting de beoefening van het ondernemingsrecht bevorderen. De prijs bestaat uit een oorkonde, een beeld en een geldbedrag van € 10 000. Voor de prijs komen in aanmerking proefschriften die zijn verdedigd tussen 1 januari 2005 en 30 juni 2008.
De Stichting Harry Honée Fonds is onafhankelijk. Haar startkapitaal bestaat uit een bij leven door prof.mr. Harry Honée gevormd fonds. De Stichting wordt financieel ondersteund door APG N.V., Freshfields Bruckhaus Deringer LLP en Unilever N.V. Het bestuur van de Stichting wordt gevormd door hoogleraren Ondernemingsrecht van verschillende juridische faculteiten in Nederland en mw.mr. M.E. Honée.